剑桥科研小组发现一种可以令传染者处于永久杀人状态的病毒，这种病毒传染速度极快，且无法抑止。动物保护组织成员不慎释放了实验室中一批携带该病毒的大猩猩后，繁华的伦敦于短短28天变成一座死城。　　自行车快递员（西连•墨菲）于28天后的某一个早晨醒来时，发现自己赤身裸体躺在一家破旧的医院里，周围一片狼藉，令他怀疑是在梦中。夜晚来临时，他受到被病毒传染了的人的袭击，危急时刻幸被施莲娜（内奥米•哈里斯）和麦克（诺厄•亨特利）搭救，他也才知晓伦敦发生的一切，而这座城市没被传染的人，仅剩极小部分伦敦居民和一些驻守在

　不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来

　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动